深圳市某项目是个医院，建筑规模53000余m2，由五栋单体工程组成，分别是门诊楼、住院综合楼、员工宿舍楼、设备用房、临街商铺，其中门诊楼4层桩基础无地下室建筑面积8500m2，住院部8层建筑面积25000m2，员工宿舍楼5层、设备用房2层、临街商铺1层门面合计建筑面积为19500 m2。
建设单位：深圳市xx附属医院
承建单位：xx建设集团有限公司
建设时间：2007年8月5日~2011年6月6日
工程概述：合同签订工程造价10100万元，甲分包总造价3000万元。合同约定工期为730天，每延误一天按1万元/天计算，上限不封顶，实际竣工工期为1401天，超出约定工期671天。自2014年至工程保质期已到节点，甲方工程款已经支付93%，剩余工程款（707万元）尚未结算。甲方以拖延工期为由扣除671万元作为赔偿金提起上诉拒绝支付剩余工程款。
承建单位由于各种原因竣工备案资料的工期超过合同工期。施工期间施工单位实质是项目挂靠性质，施工老板因工程亏钱已名存实亡，项目部已经分裂各资料证据寻找困难，各阶段进度和分包单位进退场时间直接证据寻找困难。
承建方律师观点：寻找证据证明是因甲方原因拖延建设周期，导致工期无法完成，共同承担违约责任。需要重新鉴定合同工程价款，看工程总价款是否合理，按鉴定结算数据结算工程。
《合同法》114条第一百一十四条 当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。约定的违约金低于造成的损失的，当事人可以请求人民法院或者仲裁机构予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，当事人可以请求人民法院或者仲裁机构予以适当减少。 第二十九条当事人主张约定的违约金过高请求予以适当减少的，人民法院应当以实际损失为基础，兼顾合同的履行情况、当事人的过错程度以及预期利益等综合因素，根据公平原则和诚实信用原则予以衡量，并做出裁决。 最高人民法院关于适用《中华人民共和国合同法》若干问题的解释（二）第29条： 当事人约定的违约金超过造成损失的百分之三十的，一般可以认定为合同法第一百一十四条第二款规定的“过分高于造成的损失”。
承建方主张：第三方鉴定机构做鉴定，鉴定初步意见报告不服，要求核对工程量及鉴定机构错漏项的补充。
经营分析：挂靠不合法但合理，自2005年以后挂靠包工头疯狂敛钱，未考虑长远发展只求得前眼利益，风险与利润共存的，承建单位收取挂靠费用要增派人员监管。市场需求很大诞生大量的挂靠性质。
施工过程管理要从质量、安全、资金、信誉、进度五个方面管理，甲方发起索赔往往是工程进度和质量两个方面索赔。该案例甲方有故意拖欠尾款意图，甲乙双方矛盾很大，可能因某个人际关系拿到的工程项目，该人离职或其它原因，甲方另其安排领导上任把剩余工程款以乙方违约方式扣除。
乙方驳回原告（甲方）分析：从证据入手，工期约定是否合法，依据定额工期压缩工期超过30%以上时属于不合法形为，应按定额工期计算出合同工期，延误工期可减少时长。通过上述概况，定额工期可参照第四条“一个承包方同时承包2个以上（含2个）单项（位）工程时，工期的计算：以上一个单项（位）工程的最大工期为基数，另加其他单项（位）工程工期总和乘相应系数计算：加一个乘0.35系数；加2个乘0.2系数；加3个乘0.15系数；4个以上的单项（位）工程不另增加工期”。该案例取住院部8层建筑面积25000m2为最大工期时长，证据证明主体结构施工期间和粗装修期间未延误工期，事因甲分包进退场原因、设计变更原因、不可抗力原因等指证甲方因承担部分责任，共担违约金。
第三方鉴定机构出具的鉴定意见初步报告工程量计算及错漏项，应找有同等资质的机构出具鉴定成果，申请法院要求鉴定机构核对工程量及修改错漏项。根据本人多年经验分析，第三方鉴定机构会在初步意见报告中把有争议和有疑问的项扣除，乙方要求重新核算工程量时因时间紧无力核对，有争议之处鉴定中有权扣除。鉴定报告定稿时修改采纳部分乙方意见就省事很多。如果有争议的项编制在初步意见报告中甲方也会参与核对工程量或要求解答争议意见，使得鉴定机构费工费事。
施工期间控制进度实质是节约成本，成本经营项目开支得增加人力物资，甲方违约金和支付工程款滞后损失很大。